El Museo de la Ciudad fue trasladado al Palacio del Obispo, su nueva sede, a primeros de octubre de 1986. Se instaló en la planta baja y se añadieron a la colección nuevas piezas arqueológicas, desde el paleolítico hasta la edad contemporánea.
Habían sido extraídas en excavaciones realizadas en la ciudad y cedidas por el Museo Provincial de Salamanca. Parte de los fondos fueron expuestos, otros pasaron a los almacenes municipales. En este nuevo domicilio compartió espacio con el Museo Diocesano y con los archivos Municipal y Diocesano.
Julián Lanzarote devolvió al obispado sin contrapartida, incumpliendo lo convenido, el palacio que había sido restaurado con dinero público. Mandó a los almacenes de la biblioteca Torrente Ballester gran parte del material expuesto del Museo y el Archivo Histórico.
Con el tiempo, desapareció del palacio el museo Diocesano y el archivo Municipal, quedando el edificio vacío. Solamente ocupa parte del edificio el archivo Diocesano.
Lanzarote intentó llevar el Museo de Historia de la Ciudad al Cerro de San Vicente, pero el yacimiento arqueológico y los restos de San Vicente no llegaron a abrirse al público en su alcaldía.
