[dropcap]A[/dropcap]lonso Fonseca III era un hombre culto, amante de las letras y de la música. Amigo de Erasmo de Rotterdam, éste le dedicó algunas de sus obras. Fue benefactor de las ciudades donde vivió como estudiante u obispo: Salamanca, Santiago de Compostela y Toledo.
En la ciudad del Tormes continuó el patronazgo de su padre sobre el convento de la Anunciación, vulgo Úrsulas, donde se encuentra el sepulcro de su progenitor que él mandó establecer. También fue mecenas de la iglesia de San Benito y del convento de San Francisco. A todas estas obras hay que añadir la institución más importante de cuantas impulsó: el Colegio Mayor de Santiago el Zebedeo. Al morir dejó todos sus bienes, su biblioteca, muebles e incluso las alfombras de sus casas y palacios al colegio salmantino.
El colegio mayor fue dotado de rentas por valor de 5.000 ducados para 24 becas, dos de ellas para capellanes. La mayoría de estas becas, como siempre ocurría en las fundaciones clericales, se otorgaban para estudios de teología, cánones y derecho civil, reservando solamente dos plazas para médicos. Los alumnos debían ser preferentemente del reino de Castilla, y tres de ellos de las diócesis de Santiago y Toledo, mitras que había ocupado el fundador.
Las constituciones, basadas en las del Colegio Mayor de Santa Cruz de Valladolid, como lo fuera éste, a su vez, en las de San Bartolomé de Salamanca, fueron presentadas en 1539 por los testamentarios del fundador. La reinterpretación de las mismas fue realizada mucho más tarde, en 1552. El vestuario de los colegiales era muy llamativo: manto pardo oscuro, grana, con beca roja y rosca sobre el hombro izquierdo.
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